有机牛奶和普通牛奶的区别主要在奶牛的饲养方式、饲料和牛奶处理过程。有机牛奶的奶牛是在天然牧场中放养、吃天然牧草长大的，它们所吃的牧草施的也都是天然肥料。有机牛奶在牛奶的后期加工中，不加入防腐剂、等物质。

有机奶牛食用的是不受农药污染的有机饲料，牛奶也就更加纯净，不含农药的残留物。美国环保局证实，92种以上的农药杀虫剂可以致癌，婴幼儿农药中毒的机会是成人的4倍，农药杀虫剂会严重损害他们的神经系统影响生长发育。一些普通的牧场为增加牛奶产量，会为奶牛持续注射或喂食，如rRGBH。 科学研究表明rGBH可极大地提高多种癌症(包括儿童癌症、乳癌和前列腺癌等)的患病几率，并显着影响婴幼儿的性特征有机牛奶不含过量持续使用会严重威胁人类的健康，尤其对婴幼儿的影响更大。它会导致产生抗药性，令宝宝丧失自然。

有机奶和普通不同还在于有机奶牛食用的是绿色饲料，有机牛奶所含的单不饱和脂肪酸，即“好脂肪”，比普通牛奶的含量要高，有助于预防糖尿病和心血管疾病，有机牛奶也是钙质的良好来源。