栉孔扇贝的繁殖季节有两个，一个是5-7月，水温14 - 20℃；另一个是9- 10月，水温22 -20℃。不同海区繁殖季节有较大的差异，山东南部沿海一般5月中旬进入繁殖盛期，如日照、青岛、乳山、海阳等地；山东北部沿海，如荣成、芝罘、蓬莱等，5月下旬进入繁殖盛期；而长岛海区要到6月上中旬才进入繁殖盛期。除了水温以外，生殖腺指数的变化，也是确定繁殖季节的一个重要依据，一般栉孔扇贝生殖腺指数达到12% -15%时进入繁殖季节。在繁殖季节中，栉孔扇贝有多次排放的习性，一般间隔10 -15天可排放一次。间隔的时间长短与海区的环境条件变化有关，如海区水温的急剧变化、潮汐运动、海流与风浪的大小、盐度的变化等。

栉孔扇贝生殖腺成熟的年龄多为1龄，生物学最小型为1.8cm。栉孔扇贝的产卵量较大，并且个体越大，产卵越多，壳高6-7cm的2龄贝其怀卵量800万- 1000万粒， -次产卵量200万-300万粒；壳高8- 9cm的3龄贝其怀卵量为1000万- 1500万粒，一次产卵量可达400万- 600万粒。一个雄贝排出的精子数量是雌贝产卵量的几百倍至几千倍，一次排精量一般为几十亿至上百亿。

雄贝排精与雌贝排卵的状态是不一样的，雄贝排精时精子从贝壳的后端呈白色烟雾状缕缕排出，能延续30 -45min,而雌贝产卵比较剧烈，张开的双壳猛烈闭合，卵子随着水流从贝壳的后方喷出，呈红色，一个雌贝在30 -40min内能连续排放2-3次。

栉孔扇贝是雌雄异体的，幼贝（壳高1.8-4.2cm）的性比为雌：雄- 36.7:63.2，雄贝接近雌贝的2倍；成贝(壳高7-8cm)的性比是雌雄=47.8 53.3，接近相等，存在着性转换现象。