河蟹喜欢栖居在江河、湖泊的泥岸或滩涂的洞穴里，或隐匿在石砾和水草丛中。在潮水涨落的江河中，洞穴位于高低水位之间。湖泊中的河蟹因水面宽阔，洞穴比较分散，常位于水面之下，不易被发现。

河蟹的洞穴一般多呈管状，略为弯曲，底端不与外界相通。穴道深处常有少量积水，使洞口保持一定湿度。洞口的形状有扁圆形、椭圆形、半圆形等。洞直径2-12厘米，与蟹体大小相适应；洞穴长度在20--80厘米，有的可达1米以上。穴道与地面呈10度-20度斜。

河蟹的掘穴能力很强，短则几分钟，长则数小时或一昼夜，就可掘成一穴。掘穴时主要靠1对螫足，用步足辅助。常先扭动躯体，用头胸部推泥造成一凹陷，再用螫足掘深，并用一侧步足扒泥，将泥送出洞外。

此时，遇有障碍物，如石子、碎砖瓦等，就用螫钳夹住抛于洞外；障碍物较大，无力移去时就绕开，这也是有些洞穴弯度较大的原因。

河蟹掘穴一般选择在土质坚硬的陡岸，岸边坡度在1：0.2或1：0.3，很少在缓坡造穴，更不在平地上掘穴。因为陡岸横向造穴出入方便，且洞口不易堵塞；土质坚硬，洞穴牢固，不易塌陷。

河蟹从幼蟹阶段起就具有掘洞穴居的生活习性，这在自然界中也是一种防御敌害和适应环境的方式。例如，为躲避一些鸟类、老鼠等袭击，或在严冬季节防寒取暖，河蟹就潜伏在洞穴越冬。