(1)防病：用某些抗病性好的砧木可以使接合成的植株直接对某些土传病害具有很好的抗性。例如，采用黑籽南瓜做砧木；可以使黄瓜对黄瓜枯萎病有极好的抗性，对根茎部发生的疫病也有较好的防效；采用托罗巴姆野生茄子作砧木，可以使茄子有效地预防黄萎病和枯萎病。同时也间接提高了对某些病害的抵抗能力，例如，用黑籽南瓜嫁接的黄瓜，其霜霉病的发生会推迟，白粉病和根结线虫发生也相对较轻。

(2)提高抗寒或耐热、耐湿能力：采用黑籽南瓜嫁接的黄瓜，其地下和地上部分的抗寒能力大大增强，从而保证了越冬茬的成功。采用其它相应砧木可以为夏季栽培培养出适应性良好的新型植株体。

(3)克服连作障碍：除了提高对连作时土传病害的抗性以外，对连作时土壤中积累下来的有害物质（包括积盐）抵抗能力得以提高。

(4)把砧木和接穗各自的主要优点结合到一起，例如把早熟品种的番茄嫁接到中晚熟的品种上，获得了具有早熟品种早熟性和中晚熟品种产量高的新植株体。

(5)保证植株健壮生长和提高产量：利用砧木的庞大根系增加根的吸水吸肥空间，促进植株健壮生长，达到提高产量的目的。