导致西洋芹发病原因主要有二方面：一是缺钙引起的生理病害。当遇到干旱、施肥不当或棚室温度过高，水分缺乏时，阻碍根系对钙的吸收，发生烂心；或是土壤中氮、钾、镁过多，而阻碍植株对钙的吸收。二是缺硼烂心。土壤中有效硼含量偏低或由于颉颃作用而使植株不能正常吸收硼素。

针对这些病害应该从四个方面采取措施：1．选用抗病、耐病品种：如津南实芹1号、美国西芹等。

2．种子处理：无病株采种，播种前用48℃温水浸种30分钟，可有效杀死种子上的病原菌。浸种时不断搅动使之均匀受热，然后将种子投入冷水中冷却，晾干播种。

3．农业防治：实行2年以上轮作，可减少病原菌积累，减轻病情；及时清除病残体，合理密植；加强通风透光度，尽量降低湿度；合理施肥，施足底肥并追施或喷施磷钾肥、钙肥和硼肥，培育健壮植株以提高抗病力；合理灌溉，不要大水漫灌。

4．药剂防治：发现病株立即拔除并用药剂控制，防止蔓延。对斑枯病用3%的农抗120水剂100倍液，75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或70%甲基托布津可湿性粉剂800倍液等防治；对软腐病，在发病初期喷洒72%的农用链霉素或新植霉素3000-4000倍液，或用14%络氨铜水剂300倍液，或30%的dt胶悬剂500倍液喷雾防治；对菌核病用50%速克灵可湿性粉剂1500倍液，50%农利灵1000倍液，或50%菌核净1000倍液喷雾防治。一般每7-10天施药一次，连续用药2～3次。