空心莲子草的危害很大，能堵塞航线、破坏园林景观、危害农作物和破坏生态环境等等，并且它在中国大部分地区已经分布，在东南部地区严重入侵。防治空心莲子草可采用的方法有：生物防治、农业措施和物理措施。
1、覆盖水面，堵塞航线，影响人类水上经济活动。
2、侵入公园、草坪等城市绿地，破坏园林景观，增加养护成本。
3、危害农田，减少作物产量。
4、繁殖蚊蝇，附着有害寄生虫，危害人畜健康。
5、繁殖力强，排放其他植物，降低植物群落的稳定性，破坏生态环境。
空心莲子草的传播性非常强。其茎中空，脆易断裂，植物碎片和茎节可能是新的侵染源，其储藏根受到干扰和刺激时会产生大量的不定根和芽，因此容易随人类活动扩散。根据遗传学的研究，广泛分布在中国的空心莲子草在入侵后短时间内大量传播，其种类的群体遗传多样性低，可能是同一个无性系统的克隆子孙。
二、空心莲子草的防治方法是什么
1、生物防治
当早春最低气温回升到10℃以上时，在易生长空心莲子草的水域释放莲草直胸跳甲成虫，每公顷水域释放1000-3000头成虫，可控制其蔓延。此方法对于水生型植株的防治效果好，但对陆生型的效果不佳。
2、农业措施
平时要加强田间管理，精耕细作，在空心莲子草幼苗时期反复拔除和清理干净土壤中残留的茎节，将其晒干烧毁。未发现空心莲子草的地区要防止其繁殖体入侵。已出现空心莲子草生长的地区，要及时采取措施控制其蔓延。
3、物理防治
采取人工、机械铲除和打捞。铲除和打捞空心莲子草时应尽可能深挖或连根打捞，将铲除和打捞出的空心莲子草集中烧毁或沤制成绿肥。若物理防治效果不理想，可在打捞清除部分空心莲子草后，再喷洒药剂。