叶片区分：石菖蒲叶片颜色为暗绿色，长度适中；水菖蒲叶片颜色偏浅，长度较长。根部区别：石菖蒲形状为扁圆柱形，表皮颜色较深；水菖蒲形状更粗大，表皮颜色略浅。花朵区分：前者形状为三棱状，后者形状更扁一些。

一、叶片上不同：

石菖蒲的叶片颜色为暗绿色，长度大约在20到50厘米，从底部对折，叶脉平行分布，稍微隆起。

水菖蒲叶片颜色稍浅，长度延伸很长，大约50到120厘米。

二、根部的不同：

石菖蒲根部形状为扁圆柱形，弯曲点很多，长3到20厘米，直径0.3到1厘米，表面颜色较深，为棕褐色或者灰棕色。

水菖蒲形状较之前者粗大一些，分枝较少，直径大约在1到1.5厘米左右，表面颜色略浅，最浅可偏至类白色。

三、花朵的不同：

石菖蒲花朵形状为三棱状，颜色为黄绿色或者黄白色，花期大约在2月份左右。

水菖蒲花朵形状更扁一些，花期在6到9月份，集中在春秋季。