叶片区分：金线蒲长度为20到30厘米，比较狭窄；石菖蒲长度为20到50厘米。花朵区分：金线蒲为肉穗花序，长约3到9.5厘米，粗为3到5毫米；石菖蒲花朵形状是三棱状。根部区分：金线蒲根部长度为15厘米左右；石菖蒲大约长3到20厘米左右。

一、叶片的不同

金线蒲叶片细细长长，长度大约为20到30厘米，宽度非常狭窄，质地上较厚一些。

石菖蒲的叶片颜色为暗绿色，长度为20到50厘米，从底部对折，叶脉平行分布，稍稍有些隆起。

二、花朵的不同

金线蒲为肉穗花序，长度大约3到9.5厘米，粗为3到5毫米，黄绿色，花期在5到6月份。

石菖蒲花朵形状为三棱状，颜色为黄绿色或者黄白色，花期大约在2月份左右。

三、根部的不同

金线蒲根部上密集分布着很多须根，长度大约15厘米。

石菖蒲根部形状为扁圆柱形，弯曲点很多，长3到20厘米，直径0.3到1厘米，表面颜色较深，为棕褐色或者灰棕色。