苔藓植物有生态功能，可防止水土流失、促进土壤形成以及检测空气污染程度的指示功能，此外还有一定的经济功能，其有独特的自然美，有着较高的观赏价值，此外它还有药用价值，已知有18个科的多种苔藓可药用，可治疗冠心病、心肌炎等症。
生态功能
防止水土流失苔藓植物具有很强的吸水能力，而且生长十分繁密、迅速，一般为密集丛生，吸水量有时甚至可以达到干重的15到20倍，因而具有防止水土流失的作用。
苔藓植物在生长的过程中，会分泌一种酸性物质，溶解岩石表面，同时不断积累空气中的物质与水分，促使岩面逐渐形成土壤。覆盖在土表的苔藓，还能起到防止水土流失进而保护形成的土壤的作用。
苔藓植物的叶是单细胞结构，有毒气体很容易就能侵入叶细胞，从而导致苔藓植物无法继续生存。因而，根据苔藓植物对有毒气体的这种敏感特性，观察苔藓植物的生长状况可以用来检测周围环境的空气质量。一般很难在污染严重的城镇或者工厂周围找到它们的踪迹。
经济功能
观赏价值苔藓植物具有独特的自然美，它们生长密致，像是耷拉在土面上的一袭碧绿的绒毯，极富趣味，带来平静安逸的感官感受。最近也被广泛应用在园林美化上。
苔藓植物用途广泛，除上所述，还具有药用功效。相关资料表明，苔藓植物门中已知有18个科的多种苔藓可药用，如葫芦藓科、提灯藓科、珠藓科等等。在治疗冠心病、心肌炎、神经衰弱、精神病等方面都有一定作用。