不同的寄生虫会寄生在草鱼的不同部位。比如，绦虫会寄宿在草鱼的肠道之中，而指环虫、车轮虫等寄生虫则会寄宿在它的鳃部。草鱼的大多数寄生虫体积都很小，用肉眼无法直接观察到，需要用显微镜观察。但少数寄生虫，比如锚头蚤和中华蚤，就可以用肉眼观察到。